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【少年偵探團VS老人偵探團】，街上突然出現一群老人偵探，自稱老人偵探團，與少年偵探團較勁意味濃厚，不久，老人偵探團意外發現有人在家中遇害，凶手很可能是一名他們在追查的小混混，而因為一切都太湊巧了，讓柯南覺得事有蹊蹺，覺得老人們的證詞很可能是受到某人暗示。

第510集【怪盜基德與四幅名畫，下集】，及川工作室裡發生的命案，包括消失了的新畫，一切看起來都像是基德所為，然而就在高木用一個小魔術表示了他對這個事件的想法時，柯南終於明白這一切是怎麼一回事，包括所謂....

第1話【獲得諱名】，夜斗依然繼續自己派遣神的工作，到處打零工，希望能讓自己變成有名的神明。毘沙門也依然故我的拯救靈魂受損而無法轉世的死靈，將被賜名為嶺巴的神器帶回自己家。這時身為毘天門御用藥師的陸巴，....

鏡頭拉回到多年以前，揭開了九條家和「那個人」之間的秘密，玲對眼前娓娓訴說的他擔心不已，但是「他」卻話鋒一轉，說要取她性命！？無名事件相關人士之間的謎團終於揭開，而陷害九條的幕後黑手又是誰呢？....

第136集【黑暗組織來的女子、大學教授殺人事件（四之一）】，柯南的班上來了一個轉學生，灰原哀的態度非常冷漠，卻似乎對柯南極感興趣，於是隨著步美一行人展開少年偵探隊的調查，為隔壁班的男生中田俊也找尋失蹤....

第1集【復活的怪盜基德】，中森青子在教室和朋友談論世界知名、會變魔術的大盜怪盜基德在美術館現身一事。就在這時，黑羽快斗前來和青子爭論了起來。看到快斗在課堂上展現魔術，青子便挑釁地說即使是快斗也贏不過基....

第556集【紅白黃色和偵探團】，茱蒂老師打電話通知柯南，表示黑暗組織的新員開始行動了，代號是波本目標可能是灰原哀，另外杉浦開人同學說，他們家公寓裡的某個房客每晚都有可疑的舉動，想拜託少年偵探團去調查不....

――所謂自由，原來是如此美麗，如此殘酷。逃離恩典農場之家的15位孩子。他們捨棄虛偽的樂園，尋求自由。然而他們只遇見陌生的植物、動物，以及從後方追來的「鬼」……縱使美麗，外面的世界卻過於殘酷，令人難以面....

第401集【解開紅葉公館之謎 (上集)】，柯南在無意間救了一個差點被車撞上的女孩，原來這個女孩是不動產王片寄王三郎領養的孫女，柯南他們在王三郎邀請下來到紅葉公館並且留下來作客，不料王三郎竟然在下午的約....

第12話【轉世的坦桑石】，正義的父親，染野閑突然出現在正義的眼前。雖然染野和裕美在正義小學時就離婚了，但他卻開始接近長大的的正義。然而當場雖將他趕跑了，但他開始出現在正義平常去的地方。不想給理察和周遭....

「夜斗」是個經營神明到府服務，為了五圓香油錢承接人們委託的大小事，居無定所的流浪神。最近由於夥伴伴音扔下一句「本能無法接受」而辭退，他終於連神器也失去了。這一天，他忙著尋找走失的家貓，途中眼看就要被車....

第12話【與你一同度過的那令人目眩神迷的3年】，君塚揮出的拳頭正要打到變色龍的瞬間，一顆從天花板上設出的子彈貫穿了變色龍。站在那裡的人毫無問地是「名偵探」。「你來當我的助手吧。」時隔４年的這句呼喚，喚....