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文森特洩漏情報，他們將乘坐熱氣球，從空中入侵農場。彼得接獲報告以後更改農場警備，針對脫逃者的入侵作好萬全準備。然而，文森特的背叛行為也是艾瑪等人的作戰之一。他們利用熱氣球擾亂敵方，入侵農場的作戰就此開始。

第556集【紅白黃色和偵探團】，茱蒂老師打電話通知柯南，表示黑暗組織的新員開始行動了，代號是波本目標可能是灰原哀，另外杉浦開人同學說，他們家公寓裡的某個房客每晚都有可疑的舉動，想拜託少年偵探團去調查不....

第1集【雲霄飛車殺人事件】，工藤新一是高中生名偵探，因為他的機智與推理能力，幫了警方不少的忙，所以也被稱為日本警察的救世主。新一和小蘭相約到遊樂場玩，沒想到卻在雲霄飛車遇到了殺人事件，在新一的機智推理....

第45集【崛田三兄弟殺人事件】，崛田文子的男友健太郎本是一鋼琴家，向崛田先生提婚不成，卻遭其傷害手指，無法彈琴因而輕生，5年後健太郎之父為其報仇，將崛田先生炸死，在柯南的推理下才道出過去這段往事。　....

第89集【綁架現場確定事件】，柯南與朋友們無意間從計程車無線電接收器聽到綁架事件，嫌犯表示，能看清被害人父親的一舉一動，若有任何異常舉動就會殺了他的女兒。柯南利用阿笠博發明的筆記型電子地圖，想找出嫌犯....

第12話【與你一同度過的那令人目眩神迷的3年】，君塚揮出的拳頭正要打到變色龍的瞬間，一顆從天花板上設出的子彈貫穿了變色龍。站在那裡的人毫無問地是「名偵探」。「你來當我的助手吧。」時隔４年的這句呼喚，喚....

第24集【再見，逆轉終審】，為了爭取救援真宵的時間，成步堂逼不得已、只好緊咬著霧緒犯案的可能性這點不放。在幾乎要判王都樓有罪的時候，突然出現了一名新證人，這個人竟然就是動手殺害藤見野勳的兇手‧虎狼死....

第24話【最後一案第二幕】，打算以自身的死亡完成計畫的威廉。在他那股堅強的意志下，阿爾伯特等人為了完成自身的職責而開始行動。另一方面，受「犯罪卿」威廉所託負責劃下句點的「偵探」夏洛克，也看穿了威廉執....

第319集【窮途末路黑暗中的柯南(前篇)】，黑暗中，柯南忽然睜開眼睛，發現自己處於被封住嘴巴、被繩子綁住，無法發出聲音又動彈不得的狀態。他冷靜下來，試圖回想自己為何會落得如此田地。柯南發覺自己身在一個....

第1話【獲得諱名】，夜斗依然繼續自己派遣神的工作，到處打零工，希望能讓自己變成有名的神明。毘沙門也依然故我的拯救靈魂受損而無法轉世的死靈，將被賜名為嶺巴的神器帶回自己家。這時身為毘天門御用藥師的陸巴，....

第12話【最大祕密寶地】，一名少女在白淨的空間醒來，與雙親過著幸福的生活，少女每天都很快樂。寵物孔雀在一旁默默看著她。這時貝莉突然現身，少女大吃一驚，連忙逃離貝莉……....

第15話【神樂篇四】，經過漫長的戰鬥，梨花獲得了能真正殺死輪迴者的神劍．鬼狩柳櫻。在各種思緒交錯中，梨花做出了最後的決定。這是已經不再為人，與命運抗衡的少女們的，“畢業”的故事——。....

第1話【羊布偶裝】，小鳩常悟朗和小佐內由紀約好要當安穩低調的小市民，順利考上同一所高中。4月的某天，小佐內要小鳩陪她去買草莓塔，小鳩卻被叫去尋找校內失竊的包包。突然遭遇事件的兩人，有辦法安穩地放學嗎？....