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第363集【新人教師骸骨事件/前篇】，這一天，柯南班上來了一位新老師-若狹留美，擔任班上的副班導。看起來膽小又冒失的若狹老師，請柯南一行人陪她去學校的舊倉庫拿需要的石灰，沒想到卻在舊倉庫的地下室發現一具骸骨，以及一條寫滿暗號的帶子。

第1話【開始】，社團有一條規範寫著：不要一個人在入夜的校舍裡單獨行動！看似正常、歡樂的校園生活，卻不知道即將面臨的是一場令人窒息的嗜血追逃？！學園生活社的吉祥物小狗「太郎丸」趁大家不注意時，偷偷溜出學....

第89集【綁架現場確定事件】，柯南與朋友們無意間從計程車無線電接收器聽到綁架事件，嫌犯表示，能看清被害人父親的一舉一動，若有任何異常舉動就會殺了他的女兒。柯南利用阿笠博發明的筆記型電子地圖，想找出嫌犯....

鏡頭拉回到多年以前，揭開了九條家和「那個人」之間的秘密，玲對眼前娓娓訴說的他擔心不已，但是「他」卻話鋒一轉，說要取她性命！？無名事件相關人士之間的謎團終於揭開，而陷害九條的幕後黑手又是誰呢？....

第12話【反抗者們】，瑪莉蘿絲與蘿絲瑪莉自「光榮走廊」一躍而下，以最糟的形式結束了亡靈騷動。在影宅正要回復到平穩日常生活的期間，凱特與艾蜜莉可的疑慮越來越深，並且生出了堅定的決心。....

第12話【與你一同度過的那令人目眩神迷的3年】，君塚揮出的拳頭正要打到變色龍的瞬間，一顆從天花板上設出的子彈貫穿了變色龍。站在那裡的人毫無問地是「名偵探」。「你來當我的助手吧。」時隔４年的這句呼喚，喚....

【猴子跟熊手的追捕令】柯南跟著小蘭和園子來到了亂舞璃神社參加"酉日之市"，其實小蘭和園子的目的是只在"酉日之市"上才有的一種戀愛神籤，沒想到卻出現了一個面戴&q....

第1集【浪花連續殺人事件】（上）柯南與小蘭毛利一行人受服部平次之邀，來到大阪參觀，一路吃了許多大阪的名產，就在中途遇到一名死者從大樓上摔下，且已死亡一日，這件案子與之前大阪發生的前兩宗殺人案息息相關，....

以赤井秀一為中心，聚焦於世良純真、羽田秀吉、瑪麗各自的個性與看點，並解明其關聯。無可比擬的攻防戰過後，赤井的回歸為所有觀眾帶來了衝擊。而一連串”不在場證明”真相的背後，都有柯南的身影——。....

「SCM」是能讓他人成為奴隸的裝置。在比賽中獲勝就能成為主人，敗者則成為奴隸。復仇、愛情、憎惡……因為各種念頭而取得SCM的人們，上演了一齣慾望的群像劇。勝利還是屈服，慘烈的生存遊戲拉開序幕。....

第459集【名偵探柯南加長版特別節目-黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間】，女主播水無憐奈拜託小五郎調查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續兩個月無故響起，但卻從未發現有任何人出現在附近的跡象，並且門口還曾出現過....

在殺意和猜忌環伺的學園，究竟誰能從中畢業？據說能進入學園的人，肯定是菁英中的菁英。據說光是從那裡畢業的學員，人生等於成功了一半。苗木誠是透過抽獎獲得入學的幸運兒，校長在歡迎入學的新生們是這麼致詞的：從....