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第392集【女警大追擊】，由美跟苗子開著迷你警車巡邏，剛好踫上柯南等人在追一輛車，他們表示元太被那輛車上的男人綁架了。於是一行人乘坐著警車展開大追擊。過程中，他們透過在美食市集上聽到的對話，追查出他們的目的地，終於及時在現場拯救了元太。

風不斷地吹拂著這座城市。無論是小小的幸福，還是重大的不幸，都是乘風而來。風的城市──風都。過去威脅這座城市的組織「博物館」，已由假面騎士們逼入絕境。可是，該組織所大量生產的危險道具「蓋亞記憶體」仍四散....

第459集【名偵探柯南加長版特別節目-黑色衝擊！組織之手逼近的瞬間】，女主播水無憐奈拜託小五郎調查一件奇怪的事情，她家的門鈴連續兩個月無故響起，但卻從未發現有任何人出現在附近的跡象，並且門口還曾出現過....

西元1999年，近未來的東京頻頻發生作業機械人＜LABOR＞的犯罪問題。一名突然跳海自殺的天才程式設計師，由他所引發的一連串驚人狀況究竟是……....

第12話【轉世的坦桑石】，正義的父親，染野閑突然出現在正義的眼前。雖然染野和裕美在正義小學時就離婚了，但他卻開始接近長大的的正義。然而當場雖將他趕跑了，但他開始出現在正義平常去的地方。不想給理察和周遭....

1996年全球陷入奧林匹克的狂熱中。田徑場上、泳池邊等等10種以上的競技，創下一個接著一個的世界紀錄。人人瘋狂的傳遞這些消息、這些創下遠超過人類常識範圍的紀錄的選手，被讚頌為「超人類」，然而這其實是一....

第45集【崛田三兄弟殺人事件】，崛田文子的男友健太郎本是一鋼琴家，向崛田先生提婚不成，卻遭其傷害手指，無法彈琴因而輕生，5年後健太郎之父為其報仇，將崛田先生炸死，在柯南的推理下才道出過去這段往事。　....

因受邀參加新辦公大樓落成紀念電影《大怪獸哥梅拉VS假面超人》的製作發表會，柯南等人來到大阪的日賣電視台。製作發表期間，幹練的製作人米倉在倉庫發生意外，遭巨大的怪獸模型壓倒死亡。支撐模型的繩索被人用刀子....

第421集【佇立在窗邊的女人上集】，這一天步美在路上跌倒，認識了一位好心幫她擦藥的大姊姊。隔天她帶著柯南等人一起去認識這位姊姊，竟意外發現她好像跟人結了怨，有人要害她，無奈走訪之後沒有收穫。柯南等人....

第15話【神樂篇四】，經過漫長的戰鬥，梨花獲得了能真正殺死輪迴者的神劍．鬼狩柳櫻。在各種思緒交錯中，梨花做出了最後的決定。這是已經不再為人，與命運抗衡的少女們的，“畢業”的故事——。....

第401集【解開紅葉公館之謎 (上集)】，柯南在無意間救了一個差點被車撞上的女孩，原來這個女孩是不動產王片寄王三郎領養的孫女，柯南他們在王三郎邀請下來到紅葉公館並且留下來作客，不料王三郎竟然在下午的約....

鏡頭拉回到多年以前，揭開了九條家和「那個人」之間的秘密，玲對眼前娓娓訴說的他擔心不已，但是「他」卻話鋒一轉，說要取她性命！？無名事件相關人士之間的謎團終於揭開，而陷害九條的幕後黑手又是誰呢？....

第1話【深具傳統的古籍社之重生】，一向奉行節能主義，能不做的事就不做的折木奉太郎，因為姊姊的命令，只好加入了面臨廢社的古籍社。在那裡，他遇見了對凡事都充滿好奇的大小姐千反田愛瑠，奉太郎期望中風平浪靜的....