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第396集【失蹤的少年偵探團】，少年偵探團去看假面超人的拍攝現場，碰到了一個形跡可疑的男士。之後他們剛好碰到一位老太太的鈔票被風吹走，為了幫忙撿而發現了落在地上的假鈔。少年偵探團在追查中被黑手黨一行人逮住，關進貨櫃意圖讓他們沉入大海。剛好與他們脫隊的柯南能在時間內拯救他們嗎？

【犯罪現場是超級小店】小五郎來到一家小酒館喝酒,因為他這天正好中了賽馬的大黑馬還特別請店內的熟客們喝酒,喝酒期間的五分鐘店裡的三個客人和小五郎,都因有事暫時外出,不料當大家再回到小酒館時,竟然發現老闆....

【被大海背叛的男子】，柯南等人在海邊認識了一對有錢夫妻，還被邀請到遊艇上享用豪華大餐，沒想到後來其中的先生卻因為下海游泳而不幸溺斃，柯南等人碰巧目擊了整個過程，那對夫妻中的太太也拿出一段影片來証明這只....

第556集【紅白黃色和偵探團】，茱蒂老師打電話通知柯南，表示黑暗組織的新員開始行動了，代號是波本目標可能是灰原哀，另外杉浦開人同學說，他們家公寓裡的某個房客每晚都有可疑的舉動，想拜託少年偵探團去調查不....

曾經盛極一時的日本忍者，因為戰後解散組織消失無蹤。事實上，忍者至今仍暗中存在，部分精銳忍者負責執行秘密任務，下級忍者卻是經常拿不到工作，過著宛如尼特族般的生活。....

第12話【怪病醫拉姆尼】，這天是克洛身為病患接受診察的日子。拉姆尼以醫生的身份，判斷克洛的怪病已經痊癒。原本克洛在治療的同時也兼當徒弟，他詢問拉姆尼是不是別再來診所比較好。拉姆尼內心其實希望他來，但回....

「SCM」是能讓他人成為奴隸的裝置。在比賽中獲勝就能成為主人，敗者則成為奴隸。復仇、愛情、憎惡……因為各種念頭而取得SCM的人們，上演了一齣慾望的群像劇。勝利還是屈服，慘烈的生存遊戲拉開序幕。....

第1話【妖鬼殺手】，明治30年，在怪異現象頻發的東京，真打津輕在一個能讓觀眾觀看怪物們自相殘殺的小屋中工作，他被稱作「妖鬼殺手」。這天，一位只有頭顱的美少女——輪堂鴉夜，帶著她的女僕——馳井靜句來到他....

以古都京都為舞台，新一將挑戰兇手為天狗的連環殺人案！而他與小蘭的戀情又會走向何方呢！？因校外旅行而來到京都的新一，在清水寺遇見母親有希子的朋友——女演員鞍知景子。和大學同學來替老友掃墓的景子，委託新一....

因受邀參加新辦公大樓落成紀念電影《大怪獸哥梅拉VS假面超人》的製作發表會，柯南等人來到大阪的日賣電視台。製作發表期間，幹練的製作人米倉在倉庫發生意外，遭巨大的怪獸模型壓倒死亡。支撐模型的繩索被人用刀子....

第1話【我回來了,希望峰學園】，這裡是集結了擁有超高校級才能的學生的政府公認特權學園「私立希望峰學園」。原為超高校級家政婦的新任教師雪染千紗來到了這裡任教。胸懷大志的雪染踏進了教室，卻發現教室裡頭卻只....